彻底的截污工程是河流生态化整治的基础，因此必须加大城市排水管网建设的投资力度，完善截污系统,提高城市污水集中收集和处理能力，为城市环境的改善奠定良好的基础。

近年来，日本及韩国注重水利工程建设的生态平衡问题，重视人类活动与水环境的协调，大体经历了从景观设计到兼顾生态系统的多自然型河流整治模式，再到流域综合治水模式等几个阶段。目前，我国治河工程的生态建设水平大致处于日本国上世纪年代后期重视景观设计的阶段。

要跨越治河工程生态建设的初级阶段,一是要正确处理好河流治理和生态环境保护的关系,既要反对“自然环境论”者所主张一切要保持生态环境原始化的观点,也要反对急功近利和掠夺型的水资源开发行为；二是要研究探索河流生态化整治工程建设的各种新途径,克服以牺牲生态和环境为代价发展涉水工程的做法三是要将流域生态系统建设与管理作为流域水资源保护与管理的重要工作纳入正常的轨道。

传统治河工程对河流形态的多样化重视不足，忽略了河流湖泊与陆地生态系统的有机联系，忽视了江河堤防迎水坡面采用的硬质材料对植物生长和生物栖息的影响。为克服传统治河工程在生态环境与生物多样性保护方面的不足，应借鉴发达国家在兴建治河水利工程中注重人类活动与环境的协调、重视河流生态系统平衡的做法。

首先针对具体河流的实际情况和特点，开展河流生态化整治工程建设的试点工作，积累经验，逐步推广其次，拟定河流生态化整治工程建设规划，有步骤、有计划地实施生态工程建设第三，拟定河流生态化整治工程的有关技术指引，包括河流形态多样化、河岸覆盖层、水生植物和陆生植物的保护等，以增强河流的环境和生态功能。第四，要注意引入公众参与机制，让沿河流域的居民充分行使参与权和建议权，在河流改造的初期就广泛开展宣传，让更多的人了解、理解并支持河流的改造，让河流的生态化整治工程真正成为利民工程、惠民工程。

传统的治水工程强调的是人的力量,认为依靠工程措施开发和改造自然是人类力量的具体体现。尽管目前治水工程的科学技术水平得到高度的发展,治水事业取得很大的成就,但是距离科学地认识自然的演变规律和趋势、重视保护和利用河流自净能力、实现因势利导、统筹兼顾、综合治理的目标还有很大差距,很难实现“水利工程其本质都应该是生态工程”这一要求。

因此,坚持“人与自然和谐相处”,除了采用工程和非工程措施建设和恢复河流生态环境,还要充分发挥河流的自我修复能力,维护和恢复河流生态环境。

近年来，我国堤防工程建设取得很大成就,特别是完善工程的环境、生态、文化、景观等功能方面均不同程度的取得良好的效果。不足之处在于，不少城市的堤防工程对环境、生态、文化以及景观功能的考虑还不够到位。

堤防工程建设要努力创造人与水相和谐的环境，通过改善空间环境，形成优美的景观，提供完善的文化、体育、休闲娱乐、亲水活动的场所保护水环境，确保足够的水量和清洁水质,维持水域的自净功能恢复良好的生态环境，形成良好的植物生长和动物栖息繁衍环境，为生态系统可持续发展和演替提供条件。