水环境是一个复杂的大系统。水污染防治必须着眼于整个流域或区域，进行综合防治，保证水生态环境质量。

《中华人民共和国水污染防治法》第十条明确规定：防治水污染应当按流域或者区域实行统一规划。

根据我国《重点流域水污染防治“十二五”规划编制工作方案》，规划重点流域范围为淮河、海河、辽河、太湖、巢湖、滇池、松花江、黄河中上游、三峡库区及其上游、南水北调水源地及沿线(丹江口库区及其上游)等10个流域，共涉及23个省(自治区、直辖市)，251个市(州、盟)，1555个县(市、区、旗)。

1.淮河

淮河流域包括河南、安徽、山东、江苏4省的35个地市，流域面积27万平方千米。氨氮已成为淮河流域的首要污染因子。

2.海河

海河流域是水资源开发程度最高、我国水污染最严重的流域之一。流域水环境问题复杂。化学需氧量、氨氮和总磷是主要的污染因子，其他超标因子还包括高锰酸盐指数和石油类。

3.辽河

辽河流域总面积22.11万平方千米。除西辽河水资源区外，全流域47个国控监测断面水质数据表明，氨氮已成为导致流域水质达标率相对较低的重要污染因子。流域内部分水库总氮、总磷严重超标，个别水库存在富营养化问题严重。

 4.太湖

太湖是我国第三大淡水湖泊，流域总面积3.69万平方千米，环湖出入湖河流共有100多条，其中入湖河流约占60%。

太湖具有饮水、工农业用水、航运、旅游、流域防洪调蓄等多种功能，是长江三角洲地区社会经济发展的重要水资源。

5.巢湖

巢湖是我国重点治理的“三湖三河”之一，20世纪70年代，巢湖就多次出现“水华”污染，2004年以后已达到全湖劣Ⅴ类，水质恶化趋势十分严峻。2009年，巢湖流域10条主要环湖河流中，断面水质达标河流只有裕溪河，水质类别为Ⅲ类。未达标的河流有9条，主要超标因子为COD、氨氮、总磷超标、石油类。巢湖水体总体营养状态为轻度富营养。

6.滇池

滇池属长江流域，地处长江、红河、珠江三大水系分水岭地带。滇池是我国重点治理的“三湖”之一，从上世纪90年代以来，滇池水体中营养盐TN、TP呈逐年上升趋势。2009年草海和外海各滇池草海和外海水质均处于劣Ⅴ类。

7.松花江

松花江流域涉及黑龙江、吉林两省大部分地区和内蒙古自治区东部地区及辽宁省部分地区，共26个市(州、盟)，流域总面积约56.12万平方千米。影响水质超标的主要污染因子是高锰酸盐指数、化学需氧量和粪大肠菌群。阿什河、伊通河等仍为劣Ⅴ类。

8.三峡水库

三峡水库坝址位于长江西陵峡三斗坪，东起湖北宜昌，西迄重庆巴县，涉及20个县(市、区)。库区水质Ⅰ、Ⅱ类水为主，库区支流水质Ⅱ类、Ⅲ类为主，长江出库断面以Ⅰ、Ⅱ类水为主;乌江、嘉陵江入长江干流水质现状稳定达到Ⅱ类水质标准;金沙江水质达到Ⅱ类;赤水河入长江干流水质稳定达到Ⅱ类以上水质。

9.黄河中上游

流域面积73.4万平方千米。“十一五”期间，黄河干流各水期高锰酸盐指数、氨氮平均浓度均呈下降趋势，符合Ⅲ类水质标准，溶解氧达到Ⅱ类水质标准。中卫下河沿(甘-宁)、拉僧庙(宁-蒙)等断面水质显著改善能达到Ⅲ类水质标准。但支流湟水河、湟水河小峡桥断面等，“十一五”期间连续5年各水期水质均劣于Ⅴ类。

10.南水北调水源地及沿线(丹江口库区及其上游)

“十一五”期间，南水北调中线工程水源地的水污染防治、水土流失治理等措施初显成效。丹江口水库库区7个断面水质均稳定达到Ⅱ类水标准。

重点流域水质考核指标重点流域水质考核指标包括四类:

一是《地表水环境质量标准》表1中除总氮、总磷、粪大肠菌群3项指标以外的水温、pH值、溶解氧、高锰酸盐指数、化学需氧量(COD)、五日生化需氧量、氨氮、铜、锌、氟化物、硒、砷、汞、镉、铬(六价)、铅、氰化物、挥发酚、石油类、阴离子表面活性剂、硫化物21项指标;

二是富营养化指标，包括总氮和总磷；

三是粪大肠菌群指标；

四是流域特征污染物指标。

以上四类指标分别进行考核，河流不考核富营养化指标。